Žemės ūkio ministerija kartu su Sveikatos apsaugos ministerija 1997 m. įsteigė VšĮ “Ekoagros” ir pavedė jai vykdyti ekologinės gamybos kontrolės ir sertifikavimo darbus pagal Ekologinio žemės ūkio taisyklių reikalavimus. Ekologinės gamybos kontrolės ir sertifikavimo darbai atliekami, vadovaujantis Europos Sąjungos Tarybos reglamentu (EB) Nr. 834/2007, Reglamentu (EB) Nr.889/2008 ir Ekologinio žemės ūkio taisyklėmis. Nuo 2008m. įstaiga  sertifikuoja išskirtinės kokybės žemės ūkio ir maisto produktus, pagal Išskirtinės kokybės žemės ūkio ir maisto produktų pripažinimo taisykles, patvirtintas Lietuvos Respublikos žemės ūkio ministro 2007 m. lapkričio 29 d. įsakymu Nr. 3D-524.

Nuo 2005m.  sertifikavimo įstaiga yra akredituota Nacionalinio akreditacijos biuro prie LR Aplinkos ministerijos. 2007 01 18  biuras suteikė VšĮ „Ekoagros“ akreditaciją pagal LST EN 45011:2000 standarto reikalavimus sertifikuoti ekologinės gamybos procesus: ekologinės augalininkystės, gyvulininkystės, bitininkystės, laukinės augmenijos ir žuvininkystės gamybos procesus ir negyvūninės bei gyvūninės kilmės maisto produktų tvarkymą.
 
Sertifikavimo įstaiga įsikūrė Kaune, plečiant veiklą nuo 2006m. vasario 1d. buvo įsteigti Telšių ir Utenos filialai. Šiuo metu įstaigoje dirba apie 50 žmonių. Kolektyvą sudaro jauni, aukštą kvalifikaciją turintys darbuotojai.