Viešoji įstaiga „Ekoagros“ yra pelno nesiekiantis, ribotos civilinės atsakomybės viešasis juridinis asmuo, veikiantis ekologinės gamybos ir pagal nacionalinę žemės ūkio ir maisto kokybės sistemą (NKP) pagamintų produktų sertifikavimo ir kontrolės srityse.

Žemės ūkio ministro 2000 m. gruodžio 28 d. įsakymu Nr. 375 (žemės ūkio ministro 2022 m. kovo 14 d. įsakymo Nr. 3D-177 redakcija) viešajai įstaigai „Ekoagros“ pavesta vykdyti ekologinės gamybos oficialią kontrolę  pagal patvirtintas Ekologinės gamybos taisykles ir suteiktas kodas LT-EKO-001.

Žemės ūkio ministro 2008 m. rugpjūčio 27 d. įsakymu Nr. 3D-475 (žemės ūkio ministro 2015 m. spalio 13 d. įsakymo Nr. 3D-768 redakcija) viešajai įstaigai „Ekoagros“ leista sertifikuoti pagal nacionalinę žemės ūkio ir maisto kokybės sistemą (NKP) pagamintus produktus Pagal Nacionalinę žemės ūkio ir maisto kokybės sistemą pagamintų produktų pripažinimo taisyklių nustatyta tvarka ir suteiktas kodas LT-NKP-001. 2022 m. gegužės 20 d. Žemės ūkio ministro įsakymu Nr. 3D-351, VšĮ „Ekoagros“ suteiktas leidimas galioja sertifikavimo ir priežiūros veiklai vykdyti pagal šiuo įsakymu patvirtintas Nacionalinės maisto kokybės sistemos taisykles.

Nuo 2016 m. VšĮ „Ekoagros“ suteikta teisė vykdyti ekologinės gamybos sertifikavimo veiklą ne ES šalyse. Įstaiga įtraukta į 2021 m. gruodžio 16 d. Komisijos įgyvendinimo reglamento (ES) 2021/2325, kuriuo pagal Europos Parlamento ir Tarybos reglamentą (ES) 2018/848 nustatomi pagal Tarybos reglamento (EB) Nr. 834/2007 33 straipsnio 2 ir 3 dalis ekologiškų produktų importo į Sąjungą tikslais pripažintų trečiųjų šalių ir kontrolės institucijų bei kontrolės įstaigų sąrašai, II priedą.

1996 m. profesorė Vida Marija Rutkovienė ėmėsi iniciatyvos kurti naują nepriklausomą sertifikavimo įstaigą, skirtą ekologiškų produktų sertifikavimui. Po metų – 1997 m. kovo 14 d. Kaune įsteigta pirmoji Lietuvoje ir Baltijos šalyse ekologiškų produktų sertifikavimo įstaiga „Ekoagros“, kurios steigėjais tapo Žemės ūkio ir Sveikatos apsaugos ministerijos.

Specializuotos sertifikavimo įstaigos „Ekoagros“ įkūrimas tapo būtinybe siekiant įvertinti gaminamus ekologiškus produktus ir suteikti visoms suinteresuotosioms pusėms pasitikėjimą, kad produktai ir ūkininkavimo būdas atitinka nustatytus reikalavimus. Naujajai įstaigai vadovauti paskirta Vida Marija Rutkovienė.

Tolesnė plėtra:

• 1999 m. VšĮ „Ekoagros“ direktore pradėjo dirbti Ineta Rutkovaitė.
• 2000 m. įstaiga buvo akredituota IFOAM akreditavimo tarnybos ekologinės gamybos sertifikavimui.
• Nuo 2005 m. įstaigai vadovavo Ona Kazlienė.
• 2005 m. įstaiga Nacionalinio akreditacijos biuro akredituota LST EN 45011:2000 standarto atitikčiai.
• Augant ekologiškai ūkininkaujančių skaičiui ir darbų apimčiai, 2006 metais įsteigti filialai Telšių ir Utenos apskrityse. 
• 2007 m. Nacionalinio akreditacijos biuro standarto LST EN 45011:2000 atitikčiai akredituoti įstaigos filialai, taip pat išplėsta akreditavimo sritis sertifikuoti maisto produktų tvarkymą.
• 2008 m. pradedami sertifikuoti išskirtinės kokybės produktai.
• 2010 m. įstaiga pakartotinai akredituota LST EN 45011:2000 standarto atitikčiai dar 5 metų laikotarpiui ir praplėsta akreditavimo sritis sertifikuoti išskirtinės kokybės žemės ūkio kilmės produktus.
• Nuo 2012 m. įstaigai vadovavo Gintaras Nagulevičius.

2014 metai:

• Nuo 2014 m. įstaigai vadovavo Antanas Makarevičius.
• Iš dalininkų pasitraukia Lietuvos Respublikos sveikatos apsaugos ministerija, o Lietuvos Respublikos žemės ūkio ministerijai pavedama įgyvendinti valstybės, kaip viešosios įstaigos „Ekoagros“ savininkės, turtines ir neturtines teises ir pareigas.
• Įstaiga įstojo į sertifikavimo įstaigų tarptautinį aljansą Quavera, kuris vienija sertifikavimo ir kontrolės įstaigas.
• Pasirašyta bendradarbiavimo sutartis su ABCERT AG dėl patikrų pagal Vokietijos privataus standarto Bioland reikalavimus.

2015 metai:

• Įstaiga pakartotinai akredituota LST EN ISO/IEC 17065:2012 standarto atitikčiai dar 5 metų laikotarpiui.
• Įstaiga tapo IFOAM EU grupės nare. IFOAM EU vienija daugiau nei 180 organizacijų narių, kurių veikla apima visą ekologiškų maisto produktų grandinę – ūkininkus ir perdirbėjus, mažmenininkus, sertifikavimo įstaigas, konsultantus, prekybininkus, mokslininkus, aplinkos ir vartotojų apsaugos institucijas.

Pasirašytos sutartys:

• Sutartis su tarptautiniu sertifikavimo biuru „DEMETER-INTERNATIONAL“ dėl teisės atlikti tikrinimus pagal „Demeter“ standarto reikalavimus.
• Sutartis su „International certification Bio Suisse AG“ dėl teisės atlikti patikras pagal „Bio Suisse“ standartą.
• Sutartis su „Naturland.e.V.“ dėl ūkio subjektų patikrinimo pagal „Naturland“ standartą.
• Sutartis su „KRAV ekonomisk förening“ dėl „KRAV“ standarto atitikties patikrinimo.
• Sutartis su Italijos sertifikavimo įstaiga „CCPB ltd“ dėl patikrų pagal „Natrue“ natūralios ir ekologiškos kosmetikos, CCPB ekologiškos ir natūralios kosmetikos, „GOTS“ ir „TE“ tekstilės produkcijos standartus.

2016 metai:

• Įstaiga pasirašė sutartį su Vokietijos sertifikavimo įstaiga Kiwa BSC OKO-Garantie GmBH ir su Armėnijos sertifikavimo įstaiga RAB „Ecoglobe“, pagal kurias subrangos pagrindais vykdo ekologinės gamybos patikras trečiosiose šalyse.

2017 metai:

• Įstaigai suteikta akreditacija ekologinę gamybą sertifikuoti pagal Jungtinių Amerikos Valstijų Žemės ūkio departamento (USDA) Nacionalinės ekologijos programos (NOP) reikalavimus. Akreditacija suteikta pagal 1990 m. Ekologiško maisto gamybos aktą ir USDA ekologijos reglamentą (7 CFR Part 205).
• Įstaiga įtraukta į  Reglamento (EB) Nr. 1235/2008 IV priedo lygiavertiškumo nustatymo tikslais sudarytą kontrolės įstaigų ir kontrolės institucijų sąrašą dėl sertifikavimo darbų atlikimo ne ES šalyse (Rusija, Baltarusija, Ukraina, Tadžikistanas, Kazachstanas).
• Pasirašyta bendradarbiavimo sutartis su Kinijos ekologiško maisto sertifikavimo centru (China Organic Food Certification Center – COFCC) dėl ekologiškos produkcijos sertifikavimo pagal Kinijos Liaudies Respublikos nacionalinį standartą ekologiškiems produktams.
• Pasirašyta bendradarbiavimo sutartis su Vokietijos sertifikavimo įstaiga GfRS dėl patikrų pagal privataus Vokietijos standarto VLOG „Ohne Gentechnik“ (be GMO) reikalavimus.

2018 metai:

• Nuo 2018 m. gegužės 2 d. įstaigai vadovavo prof. dr. Gintautas Labanauskas.
• Įstaiga tapo Europos ekologijos sertifikuotojų tarybos (The European Organic Certifiers Council – EOCC) nare. Sprendimas dėl priėmimo buvo priimtas 2017 m., o 2018 m. įvyko galutinis EOCC Generalinės asamblėjos balsavimas. 
• Įstaiga tapo Akredituotų sertifikavimo įstaigų asociacijos (The Accredited Certifiers Association –  ACA) nare.

2019 metai:

• Nuo 2019 m. liepos 2 d. įstaigai vadovauja Virginija Lukšienė.
• Pasirašyta sutartis su „BIO AUSTRIA Marketing GmbH“ dėl ūkio subjektų patikrinimų pagal „Bio Austria“ standartą.

2020 metai:

• Siekdama stiprinti savo veiklos skaidrumą, įstaiga įsidiegė antikorupcinę vadybos sistemą, atitinkančią standarto LST ISO 37001:2017 „Antikorupcinės vadybos sistemos. Reikalavimai ir naudojimo gairės“ reikalavimus.
• „Ekoagros“ tapo vienintele kontrolės įstaiga, kuriai  suteikta teisė vykdyti  BIO SUISSE ir BIOLAND patikras Lietuvoje, Latvijoje ir Estijoje.
• Europos Komisija praplėtė „Ekoagros“ pripažinimo aprėptį įtraukdama naujų kategorijų produktus, o Nacionalinis akreditacijos biuras akreditavo ne ES šalyse vykdomą veiklą. Taip pat pakartotinai akreditavo LST EN ISO/IEC 17065:2012  standarto atitikčiai dar 5 metų laikotarpiui.
• Procesų tobulinimui įdiegtos dokumentų valdymo ir viešųjų pirkimų administravimo informacinės sistemos.
• Įsigytas įstaigos poreikiams pritaikytas elektroninių žemėlapių modulis, kuris padėjo pereiti prie labiau skaitmenizuoto patikrų organizavimo.

2021 metai:

• „Ekoagros“ užregistruota Ukrainos valstybiniame sertifikavimo įstaigų registre, tad lietuviška produkcija, sertifikuota įstaigos, pripažįstama Ukrainos rinkoje kaip ekologiška.
• Nuo gegužės 1 d. Lietuvoje įsigaliojo naujosios ekologiško viešojo maitinimo taisyklės. „Ekoagros“ parengė ir pateikė Žemės ūkio ministerijai naujo ekologiško viešojo maitinimo reglamentavimo projektą. Remdamasi juo ministerija patvirtino naujas nacionalines taisykles.
• Buvo vykdomas Europos maisto ir veterinarijos tarnybos auditas, kuriuo siekta įvertinti visą ekologinės gamybos ir ekologiškų produktų ženklinimo kontrolės sistemą Lietuvoje. Dėl apribojimų, kuriuos lėmė pandemija, auditas buvo atliekamas nuotoliniu būdu. Auditas pateikė palankias įstaigai švadas – veiklos vykdytojų kontrolė planuojama bei įgyvendinama tinkamai ir iš esmės laikantis ES reikalavimų.

2022 metai:

• Pagal naująjį ES ekologinės gamybos reglamentą, pradėto taikyti nuo sausio 1 d., „Ekoagros“ Lietuvoje yra pripažinta ekologiškų produktų kontrolės institucija – valstybės narės viešąja administracine ekologinės gamybos ir ekologiškų produktų ženklinimo klausimams skirta organizacija, kuriai kompetentingos institucijos yra suteikusios visus įgaliojimus.
• Naujasis ES ekologinės gamybos reglamentas nenumato pareigos ekologiškų produktų kontrolės institucijai būti akredituotai pagal atitinkamą darnųjį standartą „Atitikties įvertinimas. Reikalavimai, keliami gaminių, procesų ir paslaugų sertifikavimo įstaigoms“. „Ekoagros“, kaip organizacija, ir toliau išlieka akredituota pagal standarto LST EN ISO/IEC 17065:2012 reikalavimus, tik siauresnėje srityje, kurios reikalaujama pagal atitinkamus teisės aktus.
• Vasario mėn. įstaiga atsižvelgdama į tai, kad Lietuvoje yra paskelbta nepaprastoji padėtis dėl Rusijos karinės agresijos Ukrainoje, ir pritarus Žemės ūkio ministerijai sustabdė ekologinės gamybos sertifikavimo paslaugų teikimą Rusijoje ir Baltarusijoje.
• Balandžio mėn. pasirašyta oficialaus atstovavimo Lietuvoje ir Baltijos šalyse sutartis su tarptautinį „Naturland“ standartą suteikiančia Vokietijos ūkininkų asociacija. Iki tol įstaiga vykdė patikras pagal įgaliojimus.
• Gegužės mėn. pasirašyta bendradarbiavimo sutartis su Taivano ekologinio sertifikavimo įmone „Eco-Garden“.
• Sukurtas skaitmeninis įstaigos klientų apklausos modulis.
• „Ekoagros“ 25 metų veiklos proga atnaujintas įstaigos ženklas.
• Startavo nauja Žemės ūkio ministerijos IS sistema ŽŪMPSIS pirminei gamybai.

Viešosios įstaigos „Ekoagros“ vadovybė užtikrina, kad:

• kokybės politikos ir vadybos sistema atitinka viešosios įstaigos „Ekoagros“ ketinimus, nurodytus vizijoje, misijoje ir vertybėse;
• įstaigos kokybės vadybos sistema atitinka standarto LST EN ISO/IEC 17065:2012 nustatytus reikalavimus, ji nuolat gerinama siekiant užtikrinti tinkamą rezultatyvumą;
• kokybės politika nuolat peržiūrima, atnaujinama ir vertinama, kad išliktų teisinga atsižvelgiant į iškeltus kokybės tikslus;
• kokybės politika yra žinoma ir suprantama viešojoje įstaigoje „Ekoagros“.

Viešosios įstaigos „Ekoagros“ direktorius:

• formuoja viešosios įstaigos „Ekoagros“ politiką sertifikavimo srityje.

Vizija:

• tapti klientų ir vartotojų pripažinta profesionaliausia žemės ūkio kilmės produktų ir paslaugų sertifikavimo organizacija.

Misija:

• teikti pareiškėjams ekologiškų žemės ūkio kilmės produktų ir NKP sertifikavimo paslaugas, siekiant, kad vartotojui rinkoje būtų siūloma tik tokiems produktams keliamus reikalavimus atitinkanti žemės ūkio kilmės produkcija; 
• atitikti tarptautinio standarto LST EN ISO/IEC 17065 reikalavimus ir tobulinti įstaigos kokybės vadybos sistemą, kurios tikslas – užtikrinti sertifikavimo paslaugų kontrolę bei nuolat gerinti jos rezultatyvumą;
• plėsti akreditavimo sritį ir paslaugų spektrą;
• taikyti visiems klientams lygiavertiškumo, bešališkumo ir objektyvumo principus.

Vertybės:

• lojalumas – darbuotojų tikslai sutampa su „Ekoagros“ tikslais, didžiuojamasi savo darbu, aktyviai siekiama bendrų tikslų;
• profesionalumas – vertinama kompetencija, turimos žinios, kuriomis dalijamasi su kolegomis;
• bendravimas – tikima tuo, kas daroma, ir pasitikima kolegomis, keičiamasi informacija;
• atsakomybė – siekiama darbus atlikti maksimaliai gerai, prisiimama atsakomybė už savo veiksmus, sprendimus ir pasekmes;
• kūrybiškumas – aktyvus idėjų generavimas, drąsus jų siūlymas.

VšĮ „Ekoagros” nuo 2005 m. yra akredituota Nacionalinio akreditacijos biuro. Įstaiga atitinka LST EN ISO/IEC 17065:2012 standarto reikalavimus ir akredituota atlikti pagal nacionalinę žemės ūkio ir maisto kokybės sistemą pagamintų produktų pirminės gamybos ir tvarkymo procesų sertifikavimą ir reikalavimus atitinkančių produktų ir produktų, kuriems suteikiamos lygiavertės garantijos, sertifikavimą trečiose šalyse. Nacionalinio akreditacijos biuro 2022 m. sausio 5 d. išduotas akreditavimo pažymėjimas Nr. LA.03.007. Akreditacija galioja iki 2025-09-02.

Akreditavimo sritis (akreditavimo pažymėjimo Nr. LA.03.007, priedas).

Akreditacijos pažymėjimas iki 2025 m.

2017 m. sausio 23 d. įstaigai suteikta akreditacija ekologinę gamybą sertifikuoti pagal Jungtinių Amerikos Valstijų Žemės ūkio departamento (USDA) Nacionalinės ekologijos programos (NOP) reikalavimus. Akreditacija suteikta pagal 1990 m. Ekologiško maisto gamybos aktą ir USDA ekologijos reglamentą (7 CFR Part 205). Sertifikuojamos veiklos sritys – augalininkystė, gyvulininkystė, perdirbimas ir laukinė augalija. Praėjus penkeriems metams įstaiga sėkmingai praėjo perakreditavimo procedūras ir 2022 m. gruodžio 30 d. jai išduotas naujas akreditavimo sertifikatas Nr. USDA-72-22, kuris galioja iki 2027 m. sausio 23 d.