Viešoji įstaiga „Ekoagros“ yra pelno nesiekiantis, ribotos civilinės atsakomybės viešasis juridinis asmuo, veikiantis ekologinės gamybos ir pagal nacionalinę žemės ūkio ir maisto kokybės sistemą (NKP) pagamintų produktų sertifikavimo ir kontrolės srityse.

• Žemės ūkio ministro 2000 m. gruodžio 28 d. įsakymu Nr. 375 (žemės ūkio ministro 2010 m. balandžio 6 d. įsakymo Nr. 3D-323 redakcija) viešajai įstaigai „Ekoagros“ pavesta vykdyti sertifikavimo įstaigos funkcijas pagal patvirtintas Ekologinio žemės ūkio taisykles ir suteiktas sertifikavimo įstaigos kodas LT-EKO-001.
• Žemės ūkio ministro 2008 m. rugpjūčio 27 d. įsakymu Nr. 3D-475 (žemės ūkio ministro 2015 m. spalio 13 d. įsakymo Nr. 3D-768 redakcija) viešajai įstaigai „Ekoagros“ leista sertifikuoti pagal nacionalinę žemės ūkio ir maisto kokybės sistemą (NKP) pagamintus produktus Pagal Nacionalinę žemės ūkio ir maisto kokybės sistemą pagamintų produktų pripažinimo taisyklių nustatyta tvarka ir suteiktas kodas LT-NKP-001.
• Europos Komisijos 2016 m. gruodžio 15 d. įgyvendinimo reglamentu Nr. 2016/2259, kuriuo iš dalies keičiamas Reglamentas (EB) Nr. 1235/2008, kuriuo nustatomos išsamios Tarybos reglamento (EB) Nr. 834/2007 įgyvendinimo taisyklės dėl ekologiškų produktų importo iš trečiųjų šalių, viešoji įstaiga „Ekoagros“ įtraukta į  Reglamento (EB) Nr. 1235/2008 IV priedo lygiavertiškumo nustatymo tikslais sudarytą kontrolės įstaigų ir kontrolės institucijų sąrašą dėl sertifikavimo darbų atlikimo trečiose šalyse (Baltarusijoje, Kazachstane, Rusijoje, Tadžikistane). Pateiktoje lentelėje nurodyti suteikti kodų numeriai ir sertifikuojamų produktų kategorijos kiekvienoje šalyje.

A – neperdirbti augalininkystės produktai;

B – gyvi gyvūnai ar neperdirbti gyvūniniai produktai;

C – akvakultūros produktai ir jūros dumbliai;

D – maistui skirti perdirbti žemės ūkio produktai;

E – pašarams skirti perdirbti žemės ūkio produktai;

F – augalinė dauginamoji medžiaga ir auginimui skirtos sėklos.

1996 m. profesorė Vida Marija Rutkovienė ėmėsi iniciatyvos kurti naują nepriklausomą sertifikavimo įstaigą, skirtą ekologiškų produktų sertifikavimui. Po metų – 1997 m. kovo 14 d. Kaune įsteigta pirmoji Lietuvoje ir Baltijos šalyse ekologiškų produktų sertifikavimo įstaiga „Ekoagros“, kurios steigėjais tapo Žemės ūkio ir Sveikatos apsaugos ministerijos.

Specializuotos sertifikavimo įstaigos „Ekoagros“ įkūrimas tapo būtinybe siekiant įvertinti gaminamus ekologiškus produktus ir suteikti visoms suinteresuotosioms pusėms pasitikėjimą, kad produktai ir ūkininkavimo būdas atitinka nustatytus reikalavimus. Naujajai įstaigai vadovauti paskirta Vida Marija Rutkovienė.

Tolesnė plėtra:

• 1999 m. VšĮ „Ekoagros“ direktore pradėjo dirbti Ineta Rutkovaitė.
• 2000 m. įstaiga buvo akredituota IFOAM akreditavimo tarnybos ekologinės gamybos sertifikavimui.
• Nuo 2005 m. įstaigai vadovavo Ona Kazlienė.
• 2005 m. įstaiga Nacionalinio akreditacijos biuro akredituota LST EN 45011:2000 standarto atitikčiai.
• Augant ekologiškai ūkininkaujančių skaičiui ir darbų apimčiai, 2006 metais įsteigti filialai Telšių ir Utenos apskrityse. 
• 2007 m. Nacionalinio akreditacijos biuro standarto LST EN 45011:2000 atitikčiai akredituoti įstaigos filialai, taip pat išplėsta akreditavimo sritis sertifikuoti maisto produktų tvarkymą.
• 2008 m. pradedami sertifikuoti išskirtinės kokybės produktai.
• 2010 m. įstaiga pakartotinai akredituota LST EN 45011:2000 standarto atitikčiai dar 5 metų laikotarpiui ir praplėsta akreditavimo sritis sertifikuoti išskirtinės kokybės žemės ūkio kilmės produktus.
• Nuo 2012 m. įstaigai vadovavo Gintaras Nagulevičius.

2014 metai:

• Nuo 2014 m. įstaigai vadovavo Antanas Makarevičius.
• Iš dalininkų pasitraukia Lietuvos Respublikos sveikatos apsaugos ministerija, o Lietuvos Respublikos žemės ūkio ministerijai pavedama įgyvendinti valstybės, kaip viešosios įstaigos „Ekoagros“ savininkės, turtines ir neturtines teises ir pareigas.
• Įstaiga įstojo į sertifikavimo įstaigų tarptautinį aljansą Quavera, kuris vienija sertifikavimo ir kontrolės įstaigas.
• Pasirašyta bendradarbiavimo sutartis su ABCERT AG dėl patikrų pagal Vokietijos privataus standarto Bioland reikalavimus.

2015 metai:

• Įstaiga pakartotinai akredituota LST EN ISO/IEC 17065:2012 standarto atitikčiai dar 5 metų laikotarpiui.
• Įstaiga tapo IFOAM EU grupės nare. IFOAM EU vienija daugiau nei 180 organizacijų narių, kurių veikla apima visą ekologiškų maisto produktų grandinę – ūkininkus ir perdirbėjus, mažmenininkus, sertifikavimo įstaigas, konsultantus, prekybininkus, mokslininkus, aplinkos ir vartotojų apsaugos institucijas.

Pasirašytos sutartys:

• Sutartis su tarptautiniu sertifikavimo biuru „DEMETER-INTERNATIONAL“ dėl teisės atlikti tikrinimus pagal „Demeter“ standarto reikalavimus.
• Sutartis su „International certification Bio Suisse AG“ dėl teisės atlikti patikras pagal „Bio Suisse“ standartą.
• Sutartis su „Naturland.e.V.“ dėl ūkio subjektų patikrinimo pagal „Naturland“ standartą.
• Sutartis su „KRAV ekonomisk förening“ dėl „KRAV“ standarto atitikties patikrinimo.
• Sutartis su Italijos sertifikavimo įstaiga „CCPB ltd“ dėl patikrų pagal „Natrue“ natūralios ir ekologiškos kosmetikos, CCPB ekologiškos ir natūralios kosmetikos, „GOTS“ ir „TE“ tekstilės produkcijos standartus.

2016 metai:

• Įstaiga pasirašė sutartį su Vokietijos sertifikavimo įstaiga Kiwa BSC OKO-Garantie GmBH ir su Armėnijos sertifikavimo įstaiga RAB „Ecoglobe“, pagal kurias subrangos pagrindais vykdo ekologinės gamybos patikras trečiosiose šalyse.

2017 metai:

• Įstaigai suteikta akreditacija ekologinę gamybą sertifikuoti pagal Jungtinių Amerikos Valstijų Žemės ūkio departamento (USDA) Nacionalinės ekologijos programos (NOP) reikalavimus. Akreditacija suteikta pagal 1990 m. Ekologiško maisto gamybos aktą ir USDA ekologijos reglamentą (7 CFR Part 205).
• Įstaiga įtraukta į  Reglamento (EB) Nr. 1235/2008 IV priedo lygiavertiškumo nustatymo tikslais sudarytą kontrolės įstaigų ir kontrolės institucijų sąrašą dėl sertifikavimo darbų atlikimo ne ES šalyse (Rusija, Baltarusija, Ukraina, Tadžikistanas, Kazachstanas).
• Pasirašyta bendradarbiavimo sutartis su Kinijos ekologiško maisto sertifikavimo centru (China Organic Food Certification Center – COFCC) dėl ekologiškos produkcijos sertifikavimo pagal Kinijos Liaudies Respublikos nacionalinį standartą ekologiškiems produktams.
• Pasirašyta bendradarbiavimo sutartis su Vokietijos sertifikavimo įstaiga GfRS dėl patikrų pagal privataus Vokietijos standarto VLOG „Ohne Gentechnik“ (be GMO) reikalavimus.

2018 metai:

• Nuo 2018 m. gegužės 2 d. įstaigai vadovavo prof. dr. Gintautas Labanauskas.
• Įstaiga tapo Europos ekologijos sertifikuotojų tarybos (The European Organic Certifiers Council – EOCC) nare. Sprendimas dėl priėmimo buvo priimtas 2017 m., o 2018 m. įvyko galutinis EOCC Generalinės asamblėjos balsavimas. 
• Įstaiga tapo Akredituotų sertifikavimo įstaigų asociacijos (The Accredited Certifiers Association –  ACA) nare.

2019 metai:

• Nuo 2019 m. liepos 2 d. įstaigai vadovauja Virginija Lukšienė.

Viešosios įstaigos „Ekoagros“ vadovybė užtikrina, kad:

• kokybės politikos ir vadybos sistema atitinka viešosios įstaigos „Ekoagros“ ketinimus, nurodytus vizijoje, misijoje ir vertybėse;
• įstaigos kokybės vadybos sistema atitinka standarto LST EN ISO/IEC 17065:2012 nustatytus reikalavimus, ji nuolat gerinama siekiant užtikrinti tinkamą rezultatyvumą;
• kokybės politika nuolat peržiūrima, atnaujinama ir vertinama, kad išliktų teisinga atsižvelgiant į iškeltus kokybės tikslus;
• kokybės politika yra žinoma ir suprantama viešojoje įstaigoje „Ekoagros“.

Viešosios įstaigos „Ekoagros“ direktorius:

• formuoja viešosios įstaigos „Ekoagros“ politiką sertifikavimo srityje.

Vizija:

• tapti klientų ir vartotojų pripažinta profesionaliausia žemės ūkio kilmės produktų ir paslaugų sertifikavimo organizacija.

Misija:

• teikti pareiškėjams ekologiškų žemės ūkio kilmės produktų ir NKP sertifikavimo paslaugas, siekiant, kad vartotojui rinkoje būtų siūloma tik tokiems produktams keliamus reikalavimus atitinkanti žemės ūkio kilmės produkcija; 
• atitikti tarptautinio standarto LST EN ISO/IEC 17065 reikalavimus ir tobulinti įstaigos kokybės vadybos sistemą, kurios tikslas – užtikrinti sertifikavimo paslaugų kontrolę bei nuolat gerinti jos rezultatyvumą;
• plėsti akreditavimo sritį ir paslaugų spektrą;
• taikyti visiems klientams lygiavertiškumo, bešališkumo ir objektyvumo principus.

Vertybės:

• lojalumas – darbuotojų tikslai sutampa su „Ekoagros“ tikslais, didžiuojamasi savo darbu, aktyviai siekiama bendrų tikslų;
• profesionalumas – vertinama kompetencija, turimos žinios, kuriomis dalijamasi su kolegomis;
• bendravimas – tikima tuo, kas daroma, ir pasitikima kolegomis, keičiamasi informacija;
• atsakomybė – siekiama darbus atlikti maksimaliai gerai, prisiimama atsakomybė už savo veiksmus, sprendimus ir pasekmes;
• kūrybiškumas – aktyvus idėjų generavimas, drąsus jų siūlymas.

VšĮ „Ekoagros” nuo 2005 m. yra akredituota Nacionalinio akreditacijos biuro. Įstaiga atitinka LST EN ISO/IEC 17065:2012 standarto reikalavimus ir akredituota sertifikuoti ekologinės augalininkystės, gyvulininkystės, bitininkystės, laukinės augalijos, akvakultūros pirminės gamybos procesus ir ekologiškų žemės ūkio kilmės produktų tvarkymo ir platinimo procesus bei pagal nacionalinę žemės ūkio ir maisto kokybės sistemą pagamintų produktų pirminės gamybos ir tvarkymo procesus. Nacionalinio akreditacijos biuro 2016 m. gegužės 30 d. išduotas akreditavimo pažymėjimas Nr. LA.03.007. Akreditacija galioja iki 2020-09-13.

Akreditavimo sritis (akreditavimo pažymėjimo Nr. LA.03.007, išduoto 2016-05-30, priedas).

2017 m. sausio 23 d. įstaigai suteikta akreditacija ekologinę gamybą sertifikuoti pagal Jungtinių Amerikos Valstijų Žemės ūkio departamento (USDA) Nacionalinės ekologijos programos (NOP) reikalavimus. Akreditacija suteikta pagal 1990 m. Ekologiško maisto gamybos aktą ir USDA ekologijos reglamentą (7 CFR Part 205). Sertifikuojamos veiklos sritys – augalininkystė, gyvulininkystė, perdirbimas ir laukinė augalija. Akreditavimo sertifikato numeris NP6263PZA. Akreditacija galioja iki 2022-01-23.

Įstaigos akreditavimo pažymėjimas Nr. NP6263PZA ir akreditavimo sritis.