Vienas pagrindinių „Ekoagros“ veiklą reglamentuojančių teisės aktų yra Viešųjų įstaigų įstatymas. 2023 m. pabaigoje jis buvo išdėstytas nauja redakcija. Įgyvendindama šio teisės akto nuostatas Žemės ūkio ministerija įvertino poreikį viešojoje įstaigoje „Ekoagros“ sudaryti kolegialų valdymo organą, kurio iki šiol nebuvo, – valdybą ir priėmė sprendimą pakeisti „Ekoagros“ įstatus. Pagal naują įstatų redakciją, „Ekoagros“ valdymo struktūroje nebelieka iki šiol veikusio patariamojo kolegialaus valdymo organo – tarybos, kurios funkcija buvo analizuoti įstaigos veiklą ir teikti pasiūlymus direktoriui ir dalininkų susirinkimui dėl veiklos tobulinimo.